System.out'ами :)

Какая версия эклипсы хоть? Поддерживает ли она java1.5. ?
Что за java 1.5 (beta, beta2, RC)? В конце концов под какую OS :)

Я бы поступал в таком порядке.
Прочекал есть ли поддержка 1.5 (скорее всего на уровне едитора её нет).
Удалил бы 1.5, поставил 1.4 проверил работает дебаг или нет.
Если нет - еклипсу переустановить (лучше последней версии).
Если да - переустанавить 1.5 (rc), настроить еклипсу и смотреть что получилось.
Если ничего не изменилось, значит либо пара ОS/1.5 не дружат, либо нужно установить IDEA и никогда более не иметь геморроя из-за таких глупостей.