юзай например DOM.
На джаве это JAXP или JDOM.
строй из своих листов дерево в виде объекта Document.
Выводи дерево в xml файл.

Пример:

import org.w3c.dom.*;
import java.io.*;
import org.apache.xml.serialize.DOMSerializer;
import org.apache.xml.serialize.XMLSerializer;
import org.apache.xml.serialize.OutputFormat;

public class XMLFileCreater {
public static void main(String[] args) {
}
public void createXmlFile(String fullPath,Document doc) throws IOException{//Create file with given path using given Document. Encoding windows-1251 use default
File treeFile= new File (fullPath);
FileOutputStream streamToFile=new FileOutputStream(treeFile);
PrintWriter prt= new PrintWriter(streamToFile);
OutputFormat format = new OutputFormat(doc, "windows-1251", true);
format.setIndenting(true);
DOMSerializer serializer = new XMLSerializer(prt, format);
Element root=doc.getDocumentElement();
serializer.serialize(root);

}
}