Э.. Я в исходники не заглядывал, но почему-то мне кажется, что выборка файлов на основе фильтра идет далеко не средствами операционной системы. То есть выгоды никакой.

Но загляну, а то мало ли чушь сказал :)

Да что вы к этим фильтрам прицепились?!
Что такое фильтр? Это просто метод boolean accept(File f) - то есть вначале получаются ВСЕ файлы из директории, потом КАЖДЫЙ из них проходит через фильтр и конечное множество возвращается из listFiles(FileFilter f). ГДЕ вы здесь нашли увеличение производительности? Вот я в упор не нахожу.

JNI это бред имхо. Я не специалист в C/C++, но не вижу особых способов это взять. Интересно, это пишут, когда не знают, как это сделать на Java? Типа есть магический JNI, который решает все проблемы человечества :)

1. Взяли listFiles(). Запомнили время.
2. Обработали его (все файлы из множества полученных).
3. Если вы удаляете файл после этого, берите listFiles() опять. Если не удаляете, придется фильтровать по дате(к слову выше я писал, производительность не увеличится, просто удобно).

А так разумеется, фигачить в каждом потоке listFiles().. Вы о пулах заданий что-нибудь слышали?
В Java есть прекрасные механизмы синхронизации и готовые структуры для таких задач.

Вот сразу не заметил. У самого такая мысль возникла. Предыдущий автор поста предложил реально хорошую идею: перемещать файлы куда-нибудь в другой каталог.