Проблема в создании архива средствами java.util.zip, заключается в том, что необходимо архивировать пустые папки.
Я работаю с odt файлом (OpenOffice) это та же зазипованная папка с файлами. При Unzip->Zip odt-файла OpenOffice выдает ошибку о некорректном документе. Думаю проблема в каком то признаке который отвечает за отображение папкой.

Вот два решения которые работают, но не удовлетворяют.
szBasePath это путь к папке которую надо заархивировать
zipDir - это вложенная папка в папке которую надо заархивировать

//доморощенное решение
if ((zipDir.isDirectory())&&(dirList.length==0)) {
try {
ZipEntry ze = new ZipEntry(zipDir.getPath().substring(szBasePath.length())+File.separator);
zos.putNextEntry(ze);
}
catch (IOException e) {}
}

//переделка из исходников солярки
if ((zipDir.isDirectory())&&(dirList.length==0)) {
ZipEntry ze = new ZipEntry (zipDir.getPath().substring(szBasePath.length())+File.separator);
ze.setTime(zipDir.lastModified() + 1999);
ze.setSize(0);
ze.setMethod (ZipEntry.STORED);
ze.setCrc(new CRC32().getValue());
zos.putNextEntry(ze);
}