Есть структура такого вида:

rootDirectory
!---- src
! !
! ....
!
!--- bin
! !---- package1
! ! !---------- Launcher.class
! ! ..
! !---- another-package(s)
!---- ....

В src - исходники, в bin - байт-код. Есть желание все дерево
затолкать в один jar-файл так, чтобы его еще и исполнять
можно было.

Т.е. сначала в родительском каталоге rootDirectory выполняем:
jar cfm oneJarPack.jar manifest.txt rootDirectory

и чтобы после этого команда
java -jar oneJarPack.jar

корректно отрабатывала.

Возможно ли эту задачу выполнить в принципе?
Пока дочитался до этого:

Note : The Class-Path header points to classes or JAR files on the local network, not JAR files within the JAR file or classes accessible over internet protocols.

- ну тут только про вложенные архивы говорится, но, подозреваю, что это
ко всем файлам относится: нельзя в manifest'е указывать пути внутри архива,
а в записи Main-Class'а, похоже, path-dilimiter'ы не распознаются
(Main-Class: rootDirectory/bin/package1.Launcher - не прокатит).

Есть какое-нибудь решение?

Выбросить содержимое bin в корень и там сделать:
jar cfm oneJarPack.jar manifest.txt *

пока не хочется.