ViktorWM,
Ну по шагам это слишком долго писать...
Вкратце:
- сделал Linux машину на Amazon, я использую их образ ( Amazon Linux AMI ).
- зашел через ssh, поставил Java
- создал учетную запись для сервера
- создал в ipchains перенаправление портов 80 и 443 на портs Jboss. Лучше конечно для этого использовать Amazon Load balancer, но для отладки он дороговат.
- Jboss 7 загружается и конфигуриться в процессе сборки проекта ( публично кусочек есть в проекте https://github.com/alexsmirnov/neo4j-connector/tree/webadmin/neo4j-server-war )
- подготовленный образ грузится на сервер.
- пишется init.d скрипт который запускает Jboss. под его учетную запись
- если изменения только в приложении, оно деплоится через scp.
- все изменения в конфигурации делаются только в build script. Гарантирует что всегда можно получить рабочую копию сервера.

Отдельная учетка сделана по привычке :-) Amazon AMI идет с преконфигурированным user account, возможно достаточно под ним запускать. Хотя стремно, ему sudo без пароля разрешен.
P.S. Осталось рзобраться с средствами управления Amazon CLI чтобы создание образа и его подготовка тоже шла автоматом...
P.P.S. Да, MySQL на отдельной машине ( micro instance для отладки, сервис от Amazon для работы )

ViktorWMгде об этом почитать по-подробнее?

Прямо в FAQ Tomcat
ViktorWMinit.d скрипт наверное не обязательно делать, можно Jboss ведь и "руками" стартовать??

Обязательно. Amazon может и "уронить" виртуальную машинку. Потом опять перезапустит, а вот Jboss без init не встанет. Реалии облака, работа отдельных узлов не гарантирована. Полагаться можно только на кластер в целом, и то если он разнесен по разным зонам.
Поэтому надо настраивать так чтобы после перезапуска все восстанавливалось само.