забыл ник,

Действительно GAE не так уж и страшен. Там используется Jetty контейнер. И запустить приложение сделанное для GAE можно и на Tomcat и в любом другом контейнере сервлетов. Правда там есть минусы:
1. Java SE поддерживается не полностью (когда мне нужно было сделать из набора изображений gif, у меня не получилось. Правда, там есть свой API для работы с изображениями, но мне он не подошел)
2. Поддерживается только JDK 1.7 и возможно 1.8 поддерживаться вообще не будет.
3. Там нет WebSocket'ов, но есть свои Channels.
Вот с этими недостатками я столкнулся когда работал с GAE.
Что касается базы данных, то вы можете использовать любую. Конфигурация там выполняется через провайдер DataNucleus, но я пробовал и Hibernate, хотя не помню чем закончилось. Сконфигурировать можно JPA или JDO. Кстати, там есть CloudSQL - MySQL в облаке. Что касается ORM, есть Objectify, с ним довольно просто обращаться и конфигурировать.