mad_nazgulHibernate это сильное колдунство
Ты сначала пример со всеми конфигами для jpa приведи как у меня выше.
Тогда и сравним)).
Примера то нету).

mad_nazgulменя в конфигах jpa, только строка подключения и показ SQL
А это от ТС что?

DB

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<beans ...>

<context:annotation-config />
<context:component-scan base-package="com.site.dao" />

<context:component-scan base-package="com.site.service" />

<tx:annotation-driven transaction-manager="transactionManager" />

<context:property-placeholder location="classpath:db/mysql.properties" system-properties-mode="OVERRIDE"/>

<bean id="dataSource" class="org.springframework.jdbc.datasource.DriverManagerDataSource">
<property name="driverClassName" value="com.mysql.jdbc.Driver"/>
<property name="url" value="${database.url}" />
<property name="username" value="${database.username}" />
<property name="password" value="${database.password}" />
</bean>

<bean id="transactionManager" class="org.springframework.orm.jpa.JpaTransactionManager">
<property name="entityManagerFactory" ref="entityManagerFactory" />
</bean>

<bean id="entityManagerFactory" class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean"
p:packagesToScan="com.linkedcrm.entity" p:dataSource-ref="dataSource">
<property name="jpaVendorAdapter">
<bean class="org.springframework.orm.jpa.vendor.HibernateJpaVendorAdapter" />
</property>
<property name="jpaProperties">
<props>

<prop key="hibernate.dialect">org.hibernate.dialect.MySQL5Dialect</prop>

<prop key="hibernate.show_sql">true</prop>

<prop key="hibernate.initDB">true</prop>

<prop key="hibernate.format_sql">true</prop>
<prop key="hibernate.hbm2ddl.auto">create</prop>

<prop key="logging.level.org.hibernate.SQL">DEBUG</prop>
<prop key="logging.level.org.hibernate.type">TRACE</prop>

</props>
</property>
</bean>

<bean class="org.springframework.orm.jpa.support.PersistenceAnnotationBeanPostProcessor" />

</beans>