Мельком просмотрел топик, кажись в нём тема сисек преимущество использования PhantomReference супротив finalize так и не раскрыта.

И то и другое используется с целью предотвращения утечек ценных ресурсов, которая может произойти в случае если пользователь неправильно использует API, например явно не закрывает сокет, или утечка происходит в результате непредвиденной ошибки, когда сценарий использования ресурса так просто try/finaly не засунешь. Спрашивается нафига для этих целей нужны танцы вокруг PhantomReference, если finalize пишется в одну строчку с делегаций работы уже готовому методу закрытия ресурса?

Все дело в том, что при использовании finalize пользователь получает обухом по голове платит отложенной окончательной сборкой объекта и запуском финализеров всегда, не зависимо от того правильно ли он использует API или нет, хоть тыщу раз следуй лучшим практикам, закрывай все ресурсы, но если у ресурсов переопределен finalize, то ты как пользователь за это заплатишь, и что самое неприятное заплатишь в Stop the World паузе когда GC будет запихивать объекты в очередь для финализации, таким образом затягивая STW.

В то же самое время грамотная реализация предотвращение утечек, сделанная прямыми руками на основе PhantomReference, хоть и требует натаптывания гораздо большего количества кода, обеспечивает то свойство, что хороший пользователь API, который закрывает ресурсы явно, ничего(практически ничего) не платит за наличие такой опции как автоматическое предотвращение утечек. Достигается это тем, что в методе который пользователь явно вызывает для закрытия ресурса зануляется единственная сильная ссылка на PhantomReference, и поскольку сама PhantomReference становится unreachable, то ни в какую ReferenceQueue GC её не добавит. Соответсвенно, используй наш API грамотно и получи бонус в облегчении GC.

Вот хорошая статья по теме Ragozin. Finalizers and References in Java содержит в том числе и бенчмарки которые показывают, что с PhantomReference можно действительно сократить нагрузку на GC по сравнению с finalize, бенчмарки в том числе можно погонять скачав с github .

Ну и может быть стоит посмотреть Никита Сальников-Тарновский — Убери за собой!