liberumКак более правильно, сделать большую таблицу, с email, login, password, rule, birthday и т.д. или более правильно делать таблицу пользователей, таблицу ролей, и т.д., а потом делать сводные таблицы?
Смотря с какой точки зрения посмотреть.
Во время дизайна правильно всё предельно нормализовать.
А потом уже нужно обратно денормализовать отдельные части для достижения производительности.
Поэтому роли можно релизовать двумя способами - нормализовано - отдельной таблицей и регулярными джоинами.
И денормализовано, в виде списка всех ролей в одной колонке. Что избавит от надобности джоинить и может дать некоторый прирост в скорости. Но с другой стороны поиск по ролям будет медленее.

liberumНа сколько оправдано дробить сущности?
Оправданно.

liberumНо в целом вопрос по пользователям, разделять права, роли и самих пользователей, или нормально когда это прописано в одной большой таблице пользователей?
И то и другое нормально, если решает конкретные проблемы. Спросите у гугла зачем нужна нормализация таблиц в БД.