Eugene Newили это только в gradle зашито?оно не может быть в него зашито по той причине, что gradle ничего не знает про андроид. и про ява тоже. за это отвечает android plugin for gradle. он в свою очередь тоже скорее всего ничего (или почти ничего) не делает без утилит из sdk/build tools.
можешь скачать исходники android gradle plugin и посмотреть что он и как делает. что касается конкретно aar, то предположу, что он распаковывает их в промежуточную папку, ресурсы и манифесты мерджит с ресурсами и манифестом проекта, classes.jar распаковывает и объединяет с классами проекта, ну а дальше уже как в примерах сборки в командной строке. Вероятно часть из этого разруливают сами утилиты (например manifest merge). Можно еще исходники maven android plugin посмотреть, предположительно он делает примерно то же.