DBAshnikподскажите, как правильно и просто можно контроллировать по времени выполнение некоей функции F которая может зависнуть на очень долго. Нужно через 3 минуты выполнение обрубить и выдать ошибку.

Сильно зависит от того по какой именно причине "функция" зависает. Если это какой-то цикл который много вычислений делает (занимает CPU), то единственным безопасные вариантом является проверка некого флага. Например Thread.isInterrupted()

Если же "функция", в основном, блокируется на ожидани чего-то (данных от аппаратного обеспечения или освобождения критического ресурса) то из таких блокировок можно через тот же Thread.interrupt() перехватывая и обрабатывая InterruptedException.