Там же есть интерфейс


Пишется имплементация, которая переводит в MyType через тот же Gson. А в конфигурационном xml указываем jooq'у поля, где лежит этот тип (явно или по маске). Можно сделать свой тип наследник json, и замэпить его на свой через конвертер, но у jooq'а с postgres с этим беда - он нормально не обрабатывает через конфиг кастомные типы из за мелкой но неприятной баги - когда он берет метаинформацию из базы он не с того поля вытаскивает имя типа (на это есть бага в их jira которой пара лет, может уже и пофиксили).