questionerКак два варника, живушие в одном контейнере смогут делать прямые вызовы друг друга?
Как из одного метода можно вызвать другой метод внутри одной JVM?

Leonid KudryavtsevБыло нужно, но я не разобрался, как нормальным образом получить ссылку на объект в другом приложение (Tomcat). Методы которые нашел, в одних версиях появлялись, в других исчезали.... В общем, кривость сплошная (((
Так как ClassCastException не является "нормальной" ситуацией, то чего мы вдруг в этой теме озадачились "нормальным" способом передачи ссылки? В EJB есть локальные интерфейсы, которые являются то о чем я писал выше - оптимизацией вызовов между модулями. Через JNDI, я подозреваю, тоже можно получить ссылку на элементы другого модуля при особом желании. На сервлетах - не скажу. А вот EJB сплошь и рядом себя публикуют в JNDI.

scf- загрузки классов из нестандартных источников: динамический classpath, сеть, шифрованные джарники и т.п.

Да, но при этом можно эту проблему решить через URLClassLoader и свой провайдер для URL через SPI для своего протокола.

scf- горячей рекомпиляции классов - когда интерфейс и оригинальный класс находятся в базовом класслоадере, а новый экземпляр класса - в новом

Ну, во-первых не "в базовом". Чтобы не было казусов, нужно чтобы старый и новый загрузчики жили в разных ветках иерархии.
Во-вторых это не "рекомпиляция", а замена на лету.
В-третьих если этот процесс нужен в разработке, то JRebel-у нет равных. А если в продакшне, то ещё попробуй напиши такой код, чтобы утечек в Metaspace не было.

scf- изоляции библиотек и приложений - если нужно загрузить в одну JVM две версии одной и той же библиотеки, без разных класслоадеров не обойтись

Вот это верно.

scf- выгрузки загруженных классов - т.к. класслоадер держит ссылку на экземпляр класса, класс можно выгрузить только вместе с его класслоадером
А это сложно назвать причиной для которой "свои класслоадеры нужны". Это просто уже нюанс в реализации.

questionerscf- горячей рекомпиляции классов - когда интерфейс и оригинальный класс находятся в базовом класслоадере, а новый экземпляр класса - в новом
Этот пункт не понятен.
Смотри Tomcat Parallel Deployment
Тебе нужно обновить приложение. Но у тебя куча клиентов пользуются единственным сервером и выкидывать ты их не хочешь.
Ты деплоишь новую версию war модуля в Tomcat. Она работает в отдельном ClassLoader-е. Все новые сессии Томкат создаёт на новом модуле. Ждешь пока старые сессии заэкспайрятся или разлогинятся, и можешь смело удалять старую версию.

В результате ты на горячую заменил своё приложение.

UsmanHot Swap
Я не использую термин hot swap потому что под ним, в Java, подразумевается исключительно замена тела метода через JPDA.