$(function() {
		$("#replaceBtn").click(function () {
			$.ajax({
				type: 'POST',
				url: 'action.do',
				dataType: 'json',
				data: 'prType=' + $('#prType').val() + '&rDate=' + $('#rDate').val(),
				success: function (response) {
                                        console.log(response);
					location.reload();
				},
				error: function (response) {
					console.log(response);
					location.reload();
				}
			});
		});
	});

myThread.start();
boolean myThreadStart = true;// значение этого параметра нужно получить на jsp

myThread.start();
JSONObject objTw = new JSONObject();
objTw.put("myThreadStart", "true");
PrintWriter out = response.getWriter();
response.setContentType("application/json");
response.setCharacterEncoding("utf-8");
out.println(objTw);
myThread.join();

....
 complete: function (response) {
                enableMyButtons();
        }
....

disableMyButtons(); // здесь делаем неактивной кнопку "отправки"
    $.ajax({
        ...
        complete: function (response) {
                enableMyButtons();// здесь делаем "другие" кнопки активными, но только после обработки запроса. Нужно чтобы они были активны во время обработки запроса ("другие" кнопки - это что-то типа "Остановить" и "Обновить")
        },
        ...
    });

var timerId = setInterval(function() {
var startProc = %myThreadStart%;
if (!startProc) {
   clearInterval(timerId);
}
}, 2000);

onClick="javascript:window.location = 'main.jsp'" // это тоже переделывать

myThread.start();
myThread.join();

myThread.run();