DS-Max и помещаться в каждый .war (приложение).
Это чревато тем что когда модули начнуть обмениваться объектами классов из этого jar, то они отхватят ClassCastException. Либо их предется каждый раз сериализовать, что для передачи внутри JVM довольно глупо.

DS-MaxЯ не знаю как быть с БД. У нас используется Spring Data JPA. В основном, у каждого приложения свои таблицы, но как быть в общими таблицами (пользователи, авторизованные пользователи и т.п.)? Я думаю организовать мапинг их в одном приложении, а из других получать эти данные сообщениями.
Не понятно что значить "общие таблицы". Это физически одни и те же таблицы, или одинаковые имена таблица в разных БД.

DS-MaxНагуглил RMI, JMX, JMS, но ни с одним опыта не имею.

RMI это Remote Method Invocation. Удаленный вызов методов. У вас тут чего удаленного в одном Томкате?
JMX это Java Management Extensions. Чем управлять собрались?
JMS служит для асинхронной обрабоки сообщений. Асинхронность нужна?

DS-MaxЧто считается лучшей практикой для обмена данными между приложениями в рамках одного Tomcat?
Внутри одной JVM - вызов Java методов считается лучшей практикой.
Для кластера, соостветственно нужны кластерные решения.

Апологеты JEE могут ещё припомнить EJB в виде Session Bean-ов с их локальными интерфейсами.

А ещё вы не рассказали зачем именно собираетесь разбивать приложение.

DS-MaxДумали так сделать, но, не помню почему, решили в каждый war'ник класть.
Как вообще можно что-то делать не понимя зачем именно это делаешь?

DS-MaxФизически одни таблицы, но данные из них нужны в разных приложениях (приложение = .war в Tomcat).

Ну, тогда и Persistence Unit нужен один на всех. Смысл разделения?

DS-MaxМожно чуть по подробнее? Я думал нельзя просто вызвать метод из соседнего приложения (в одном Tomcat).

Это одна JVM. Вызывать можно любой метод, главное получить ссылку на объект.

DS-MaxВ компании текучка, а новичку проще разобраться в маленьком приложении, не разбираясь сразу во всём приложении.
В зависимости от того чтоименно вы пытаетесть достичь, я бы
- Разделял модули в Maven, оставил один war.
- Разделять war-ы, но завести общие либы. А ещё лучше завернуть в один ear.

Но что-то более конкретное вам советовать сложно, потому что понимания для чего это делать - нет.

DS-MaxНа самом деле у нас отдельные приложения будут слабо связаны между собой.
Связность больше является характеристикой кода. Никто вам не мешает добиться слабо связаных модулей на уровне кода, но собирать их в один war. Это совершенно отдельные друг от друга задачи.

DS-MaxЯ же говорю, когда принимали решение, были аргументы. Сейчас их не помню, я этому вопросу не уделил должного внимания.
Ну, это как водитель такси, которому сказали ехать, но не сказали куда. И он едет. Не знает куда, но едет.

DS-MaxЯ как раз и не знаю как сделать его один на всех. Имелось ввиду на все war'ники в одном Tomcat?

Не могу сказать как это делается на варниках и в Томкате. В полноценном JEE для этого можно завести EJB JAR и выпячить его наружу через локальный интерфейс.

DS-MaxТогда, чтобы далеко не ходить, можно нескромный вопрос? :) Как получить эту ссылку из соседнего war'ника?

Через любой общий (а не одинаковый) класс для этих war-ников (под общим имеется ввиду загруженый родительским ClassLoader). Про иерархию class-loader-ов таки стоит почитать.

DS-MaxРазбить на маленькие части, чтобы упростить работу. Возможно закрепить персонал за своими приложениями. В идеале сделать так, чтобы прогеру было достаточно знания только этого приложения для выполнения задачи по нему.
Если есть острое желание разбить не разбивая, я бы посмотрел в сторону EAR - у него куча возможностей шарить либы и PU. Вот только не помню поддерживает ли их Tomcat. Возможно нужен другой контейнер.