вадяв этом случае ,конечно, проще хранить в папке кота, ты сам всё конролируешь, всё помнишь.
но если придется перенести на другую машину, можно и забыть какие дрова нужно взять с собой.Вот ровно по таким же идиотским причинам разработчик сложил кучу всякого барахла в свой war.
В результате сайт зависал при редеплое и выдавал ошибки при завершении работы.
В конечном итоге WEB-INF/lib осталось только то, что невозможно было оттуда убрать, а я в очередной раз убедился, что сисадмины из программистов от "так себе" до "весьма посредственно".