Petro123JulT- не работает, вычитала где-то что нужно удалять через родительскую сущность, переписала следующим образом:
у вас один ко многим. Т.е. много паспортов у клиентов.
Логично, что удалять паспорт нужно у конкретного клиента.
Т.е. это общий смысл действий.
Т.е. мое решение правильное?
Честно говоря столько всего понаписывали, что черт голову сломит)). Одни про каскад, хотя он есть(cascade = CascadeType.ALL - или это не оно?), другие про неправильную структуру таблиц, другие про jdbc....
А может кто-то просто взять и привести правильный по всем канонам пример, и в двух словах рассказать почему так, а не иначе?:)

BlazkowiczJulT,
Совершенно не обязательно вычитывать passport чтобы удалить. Достаточно пустого объекта с заполненным ID. Для того чтобы не трогать клиента достаточно настроить каскады. Даже метод save вызывать не обязательно.

Вопросы. Что именно не работало при простом удалении? Приведённый код имеет смысл когда нужно разорвать Ассоциацию, а не удалить сущность.

Ну, и как обычно. У вас была проблема, вы написали костыль и теперь спрашиваете про костыль, а не саму проблему.
Passport passport = passportRepository.findOne(passportId); - вот при таком простом удалении строка в бд остается. Почему при таком подходе не удаляется сущность? Где костыль, ткните в строчку с костылем плиз). Покажите пример вашего onetomany и пример как вы удаляете(редактируете). Спасибо!