Юнит-тесты в чистом виде хороши либо для разработки через тестирование, либо для тестирования алгоритмического кода. В типичном enterprise-приложении больше пригождаются различные надстройки над юнит-тестами, например, интеграционные тесты (автоматизированные сценарии тестирования бизнес-логики, имитирующие клиентские вызовы), тесты DAO-слоя (позволяющие вручную или автоматически отсмотреть и провалидировать качество и количество SQL-запросов, генерируемых entity-фреймворком), тесты UI (если он есть).

Добиться 100%-го покрытия порой невозможно, т.к. Java-компиляторы частенько генерируют мертвый байткод, а зачастую просто ненужно (конфигурационные классы, логирование и т.п.)

В большом приложении тестирование, как уже сказали, просто необходимо: бывает, что какая-то мелочь, исправленная в одном модуле, ломает совершенно несвязанную с ней функциональность. Как раз от этого и спасает тестирование.