String inputFolderPath = "C:/input"; // входная папка
Set<String> processedFilePaths = new HashSet<String>();

FileSystemManager manager = VFS.getManager();

FileObject inputFolderObj = manager.resolveFile(inputFolderPath);

//обработчик изменений содержимого (новые файлы и удаленные
FolderListener folderChangeListener = new FolderChangesListener().initialize(inputFolderObj);

DefaultFileMonitor folderMonitor = new DefaultFileMonitor(folderChangeListener);
folderMonitor.setDelay(10000); // период проверки в мсек
folderMonitor.addFile(inputFolderObj);
folderMonitor.setRecursive(true); // подпапки мониторим?
folderMonitor.start();

//Далее, обработчик событий в папке:			
class FolderChangesListener implements FileListener {

	@Override
	public void fileChanged(FileChangeEvent paramFileChangeEvent)	throws Exception {
		
		//  почисти список processed.txt - processedFilePaths.remove() и тд
	}

	@Override
	public void fileCreated(FileChangeEvent paramFileChangeEvent) throws Exception {
		try {
			FileObject fileObj = paramFileChangeEvent.getFile();
				
			if(fileObj.getType() == FileType.FILE) {
	                // если файл подходит, обрабатываем и обновляем processed.txt