mytoffnaxС помощью jna инициализирую dll и получаю объект. При повторной инициализации вываливается системная ошибка.
1. Как мне можно использовать этот объект в разных потоках?

Сама DLL загружается в JVM лишь единожды. Поэтому достаточно исключить множественную загрузку DLL.
А вот многопоточное использование сильно зависит от самой DLL. Тонны legacy софта написаны с глобальными переменными и ни о какой многопоточности речи быть не может. Единственным решением будет обертка каждого запуска в отдельный процесс. Под виндой это может оказаться достаточно накладно.

mytoffnax2. Возможно ли в каждом новом потоке инициализировать новый объект от имени пользователя винды (runas)?
Т.е. первый поток от пользователя 1, второй от пользователя 2 и т.д.

Это вопрос к винде, а не к Java. AFAIK, процессы запускаются от имени пользователя. Потоки - нет.

mytoffnaxКомандная строка в этом случае не подходит (вроде), так как нужно передавать объекту (не dll) нужные параметры после инициализации
Вы не теми понятиями оперируете. "Командная строка" и "отдельный процесс" это не совсем одно и то же. Да и с параметрами можно что-то придумать. Вопрос только в том решит ли это все проблемы.

scfЕсли сама длл не предназначена для работы в нескольких потоках параллельно, то придется тебе создавать отдельный JVM-процесс под каждый поток, который тебе нужен.
Та, ну нафиг. Зачем обязательно JVM? Можно любой нативный, лишь бы только найти способ с ним общаться.

mytoffnaxСпасибо за помощь!
Классы работающие с dll решил обернуть в отдельный jar и вызывать отдельными процессами.
Это нормальный выход или всё таки это кривой костыль?
1) Зависит о самой DLL. Это кривой костыль, но, зачастую, это единственный выход.
2) Стоит учесть что запускать каждый раз новую DLL может быть накладно. Более производительным решением может быть небольшой нативный менеджер, который бы через I/O процесса общался бы с Java.