VaneS Ri_lax,

Ну, зависит от того что мы определяем как "приложение". Приложение можно перезапустить только в 2х случаях.
1) Приложение работает в некотором контейнере (OSGi, JEE)
2) Приложение "охраняется" неким средством ОС. Windows Service, Linux Daemon или ещё какой-либо процесс, который перезапустить JVM когда она остановится.

Хотя можно попробовать и породить такой процесс, который перезапустит ваше Java приложение. Но надо быть аккуратным, чтобы ОС не посчитала его дочерним и не прибила вместе с выходом из основного приложения. В принципе, мы на Java так делали Update.
Скачивается update отдельно. Запускается updater-процесс, закрывается основное приложение. Updater переносит файлы и запускает приложение с новым контентом.
Должны быть готовые решения для этого.

wadmanВызываешь сам себя и завершаешься. Или слишком просто?
Конечно просто. Надо поставить системный scheduler!