Dymytry1) Не понимаю что показывает VisualVM в графе суммарный сайз в разделе "по классам". Как известно, там показывается список классов и рядом размер памяти, занимаемый инстансами этих классов. Вопрос: это полная память которую занимают инстансы этих классов, или это память без вложенных в эти инстансы объектов других классов?

На сколько я помню в VisualVM просто размер, без внутренних классов (то есть размер поля это размер ссылки, а не размер объекта, на который поле ссылается). Не помню, умеет ли VisualVM, но в YourKit есть ещё и оценочный полный размер с внутренностями.

DymytryДопустим, в анализаторе написано что массивы char[] занимает 40% памяти. Как я понимаю, эти массивы могут быть или локальными переменными в каких-то методах, или быть полями каких-то классов.

Это скорее всего строки. Если их много, от по количеству объектов типа String будет это видно. Или CLOB-ы.

Dymytry2) В куче много объектов int[], char[] итд. Они занимают наибольшее место. Однако я не знаю откуда они берутся. Как мне это понять? Я предполагаю, что можно написать запрос на OQL, который выведет все объекты, хранящие массивы примитивов и отсортирует их по суммарной памяти которую они занимают. Как написать такой запрос?
Нет. Открываешь список всех классов - выбираешь что нужно int[] или char[]. Даблклик - получаешь список всех экземпляров этого типа. В списке роешься, смотришь содержимое - уже по содержимому можно понять что это за строки (char[]) и что в них.
Выбираешь самые типичные, которых в памяти быть не должно. Если экземпляров много, я обычно в середину тыкаю после сортировки по размеру. Либо по размеру можно выбрать крупные, если их явно не должно быть в памяти.

Потом открываете один какаой экземпляр, вверху будут всего его поля. А внизу все, кто на него ссылается. Вот в нижней секции есть полезная опция - правой клик - Nearest GC Roots - по нему находите что ваше массивы связаны с JDBC драйвером и лежат в его кешах, потому что вы Statement-ы или где-то не закрываете.

ivanraРазглядывать масивы в Visual VM - пустое занятие
Та ладно. Для небольших куч Visual VM - вполне норм.

Dymytryнет, есть считывание файла с диска и отправка его по сети.
Считывания куда?

Вот тут собственно кратко и доступно
http://visualvm.java.net/heapdump.html
Если дамп не большой, можете выложить его, я посмотрю. Или картинки сделайте аналогичные - приаттачте к форуму.

Dymytryда, похоже на то.
1. Пишет сейчас:
Instances Size
char[] 37428 3000000
String 37210 1000000

Ну да, похоже все это строки. Похоже что размер классов указывается без размеров вложенных объектов. Но почему такая разница между char[] и String ? По идее ссылка на String должна быть небольшой по размеру, а char[] должен содержать в себе ссылку и все буквы и должен быть больше.

Сложно сказать. Может там строки короткие?
Но судя по тому что кол-во экземпляров совпадает, да это строки.
Открыл посмотрел VisualVM - там вон есть кнопка Compute Retained Sizes - это будет размер с вложениями.

DymytryТо есть получается так: размер ссылки на строку 40 байт, размер ссылки на char[] + содержимое = 80 байт. Получается полностью объект Строка занимает 120 байт как минимум, что ли? Из которых большая часть - ссылка, а не буковки.

Что-то много вы посчитали. Вроде 20 байт размер строки (Java 7)

Dymytry2. скажите, может ли быть ситуация когда утечки памяти нет, GC все убирает, но генерация мусора слишком велика и система не справляется - становится слишком медленной или OutOfMemory?

Да, конечно, если куча заполнена так и будет. Есть отдельный параметр, которым настраивается когда должен выкинуться OutOfMemoryError - при определенном наполнении кучи и при работе GC дольше определенного времени.

DymytryЯ просто так хочу найти источники этих строк потому, что мне кажется приложение в определенный момент не справляется из-за слишком большого количества мусорных объектов.

Если выложите дамп, могу посмотреть и объяснить.

DymytryФайл считывается в память и отправляется по сети на сервер.
А зачем в память? IO Stream-ы или NIO Channel transfer не используются как нужно?

Можно попробовать настроить создании дампа на OOME
http://stackoverflow.com/a/8311489
Правда, на больших кучах может работать не стабильно.