eldarkaa ,
Коллега, забудьте все, что было написано выше. Даю вам нормальный развернутый ответ.
1) Наиболее удобный и православный способ работы с XML - через value object's. Это значит, что у вас есть некая модель объектов с геттерами и сеттерами. И у вас есть движок XML (тот же упомянутый вами JAXB). Далее вы работаете с ним примерно так (условно):
XML marshall(Model) - перегнали из объектов в XML;
Model unmarshall(XML) - перегнали из XML в объекты.

2) Хибернейт в эту парадигму ложиться очень хорошо. Все происходит один в один, как вы описали. Сначала вы считываете объекты из СУБД и с помощью Хибера автоматически превращаете в набор объектов, в модель. Далее вы эту модель скармливаете XML-движку, и сразу же получаете заветную XML-ку.

3) Иногда на ваше приложения могут накладываться жесткие ограничения по каким-то параметрам. Например, по памяти. Или по времени отклика. В этих случаях, как правило, требуется переключаться на ручную работу с СУБД и с XML в стриминговом стиле. То есть, вы с помощью обычного JDBC коннектитесь к базе, отправляете туда SQL. На выход вам приходит курсор (ResultSet). Далее вы вычитываете по одной строчке этого курсора, и записываете данные куда-нибудь в SAX или StAX. Это работает быстро, жрет очень мало памяти, но крайне неудобно, так как теперь вы вынуждены все делать вручную.

То есть, у вас есть два подхода: либо вы используете удобные Hibernate/myBatis/и т.д. в связке с XML-биндинговыми библиотеками (напр. JAXB/JibX/и т.д.), но жертвуете скоростью, либо же вы все делаете руками через JDBC/SAX/StAX, получая много геморройного кода, но высокую скорость.

В мире J2EE по умолчанию всегда используют первый подход, так как скорость работы редко является краеугольным камнем системы. И только если есть доказанная необходимость переключиться на более скоростное решение, тогда переходят на геморройный "ручной" режим.

Так что вы все делаете правильно.

А коллегам, которые рассказывают про "тормозутость" XML, я бы порекомендовал почитать про premature optimization.

petalvikeldarkaa,
какая именно СУБД используется?
Например, в MS SQL SERVER достаточно приписать к запросу FOR XML, и результат будет возвращён в виде xml. Всё!
Во многих других БД тоже есть похожие возможности.Там все не так просто, как вы описываете. Из коробки SELECT FOR XML будет работать только при простейших структурах. В противном случае вам необходимо использовать EXPLICIT MODE и иметь определенную структуру запроса, что не всегда возможно.