public void execute(InputStream FXML){
            FFactory = SchemaFactory.newInstance(XMLConstants.W3C_XML_SCHEMA_NS_URI);
            FSchemaLocation = new StreamSource(new ByteArrayInputStream(FXSD.getBytes("UTF-8")));
            FSchema = FFactory.newSchema(FSchemaLocation);
            FValidator = FSchema.newValidator();
            FSource = new StreamSource(FXML);
            FValidator.validate(FSource);//Если эту строку закомментировать, то строка ниже ошибку не выдает.
//Вот здесь FXML уже почему-то close;

DocumentBuilderFactory dbf = DocumentBuilderFactory.newInstance();
DocumentBuilder db = dbf.newDocumentBuilder();
Document dIn = db.parse(FXML); //вот тут ошибка Read error. Судя по всему потому что FXML уже close
}

Document dIn = db.parse(FXML);
DOMSource FSource = new DOMSource(dIn);
FValidator.validate(FSource);