В плане IoC - разницы нет. Но для каждого есть куча другой функциональности, которую спринг умеет навешивать.
Названия взяты из паттернов программирования. Посмотри соответствующие паттерны и разберешься с аннотациями.

Очень_Любопытныйа где можно почитать про то, какую функциональность куда накрутить можно?( с наглядными примерами)
В мануале.
Про Repository
http://static.springsource.org/spring-data/commons/docs/current/reference/html/repositories.html
Про эти аннотации вообще
http://static.springsource.org/spring/docs/3.0.0.M3/reference/html/ch04s12.html
Про контроллер
http://static.springsource.org/spring/docs/3.0.x/reference/mvc.html

Дополнительно стоит освоить Martin Fowler - Enterprise Patterns. Тогда будет понятно что для чего применять.

Очень_Любопытныйприходилось Фаулера почитывать, но изложение для меня сложноватое, да и, говорят, слегка устарел его взгляд на некоторые вещи.
Кто говорит? Ссылки, факты? С книжкой есть два момента. Во-первых, как и все другие паттерны, это не руководство к действию. Это каталог существующих подходов. То есть то что Фаулер пишет про Active Record, который стоит пользовать с большой осторожностью, это не значит что книжка устарела. Это значит что такой подход существует и, иногда, используется. Но это не значит что он подходит множеству существующих систем.
Во-вторых понять все достоинства и недостатки каждого паттерна без достаточного опыта очень сложно. Многое нужно прочуствовать на себе.