<local-tx-datasource>
		<jndi-name>selDatasource</jndi-name>
		<use-java-context>true</use-java-context>
		<connection-url>jdbc:oracle:thin:@srv:1521:oradb</connection-url>
		<driver-class>oracle.jdbc.OracleDriver</driver-class>
		<user-name>USER</user-name>
		<password>12345</password>
	</local-tx-datasource>

	<no-tx-datasource>
		<jndi-name>updDatasource</jndi-name>
		<use-java-context>true</use-java-context>
		<connection-url>jdbc:oracle:thin:@srv:1521:oradb</connection-url>
		<driver-class>oracle.jdbc.OracleDriver</driver-class>
		<user-name>USER</user-name>
		<password>12345</password>
	</no-tx-datasource>

	<persistence:managed-persistence-context name="entityManager"
		auto-create="true" persistence-unit-jndi-name="java:/selEntityManagerFactory" />
	<persistence:managed-persistence-context name="entityManagerUpd"
		auto-create="true" persistence-unit-jndi-name="java:/updEntityManagerFactory" />

@Name("updateBean")
@Scope(ScopeType.CONVERSATION)
public class LoadUpdateBean extends CommonFormBean {

	// Это в родительском классе 
	//@In
	//EntityManager entityManager;
	
	@In //(create = true) - это я пытался создать ем для случая auto-create="false"
	EntityManager entityManagerUpd;
	
	// Вот здесь кнопку жмём
	public void testFileDataListener(ActionEvent event) {
		// Во тут  уже первый варнинг выскочил. Перед или сразу после вызова листенера
		//...
                // Запускаем обработку xml
		SAXParserFactory factory = SAXParserFactory.newInstance();
		SAXParser parser = factory.newSAXParser();
		testparser = new XmlDataParcer();
		// В парсер передали менеджер, созданный для обновления
		testparser.setEntityManager(entityManagerUpd);
		//...
		// Вот тут второй варнинг. Опять же в конце или сразу после обработчика
	}
}

public final class XmlDataParcer extends DefaultHandler {

	// Переданный в парсер ем
	private EntityManager entityManager;

	// Это вход в структуру xml	
	private boolean parceLevel1(String qName, Attributes atts) throws SAXException {
		// ...
		if (!entityManager.getTransaction().isActive()) {
			entityManager.getTransaction().begin();
		}
		//...
	}
	
	// Это парсинг объекта
	private void parceLevel2(String qname, Attributes atts) throws SAXException {
		//...
		// Если нужно - записываем. Функция в классе, описывающем объект
		int res = this.xmlParceObject.saveData(entityManager, this.testOnly);
		//...
	}
	
	// Это завершение парсинга
	public void endElement(String namespaceURI, String localName, String qName) throws SAXException {
          //...
		switch (this.level) {
		case 1:
                         //...
			// Уровень документа. Завершаем парсинг файла
			if (getEntityManager().getTransaction().isActive()) {
				getEntityManager().getTransaction().commit();
			}
			break;
		case 2:
			// Уровень объекта. Каждую 1000 делаем коммит
                        //...
			this.objectCount++;
			if ((this.objectCount % 1000) == 0) {
				if (getEntityManager().getTransaction().isActive() && (this.objectNotSaved > 0)) {
					this.getEntityManager().getTransaction().commit();
					this.objectNotSaved = 0;
					this.getEntityManager().getTransaction().begin();
				}
			}
			break;
		default:
			break;
		}
	 //...      
	}
}

	<persistence-unit name="cbws">
		<provider>org.hibernate.ejb.HibernatePersistence</provider>
		<jta-data-source>java:/selDatasource</jta-data-source>

		<properties>
			<property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.Oracle10gDialect" />
			<property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="validate" />
			<property name="hibernate.show_sql" value="false" />
			<property name="hibernate.format_sql" value="false" />
			<property name="jboss.entity.manager.factory.jndi.name" value="java:/selEntityManagerFactory" />
		</properties>
	</persistence-unit>

	<persistence-unit name="cbwsupd" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
		<provider>org.hibernate.ejb.HibernatePersistence</provider>
		<non-jta-data-source>java:/updDatasource</non-jta-data-source>

		<properties>
			<property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.Oracle10gDialect" />
			<property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="validate" />
			<property name="hibernate.show_sql" value="false" />
			<property name="hibernate.format_sql" value="false" />
			<property name="jboss.entity.manager.factory.jndi.name" value="java:/updEntityManagerFactory" />
		</properties>
	</persistence-unit>