JTable случайно не обернута в JScrollPane?
Из всего сказаного упущено самое главное. Какой LayoutManager?

wvetalДа, обернута в JScrollPane.
Тогда, наверное, и layout constraint надо задавать у JScrollPane, а не JTable.

Free DesignIn the IDE's GUI Builder, you can build your forms by simply putting components where you want them as though you were using absolute positioning. The GUI Builder figures out which layout attributes are required and then generates the code for you automatically. You need not concern yourself with insets, anchors , fills, and so forth.
Может NetBeans не удалось угадать что действительно нужно. :)

Нужно попробовать Anchor задать у JScrollPane, а не у JTable. И если не поможет, использовать конкретный LayoutManager.
Но я бы рекомендовал выбросить NetBeans. Взять Eclipse, WindowBuilder Pro и MiGLayout.

wvetalСейчас как раз сравниваю NetBeans и Eclipse. Так что они оба у меня установлены.
NetBeans WYSIWYG имеет несколько критических недостатков
- данные всё ещё хранятся в XML, что делает не возможным правку кода руками, без правки кода того же XML руками. Причем из самой IDE этого, вроде как, сделать нельзя
- после некоторых операций WYSIWYG может просто перевести форму в невалидной состояние. Так что её нельзя дальше менять в WYSIWYG вообще. Можно только откатить последние изменения и попробовать их повторить, надеясь что не сломается
- не поддерживает MiGLayout

oneHalfПравка кода - без проблем - правой кнопкой мыши на интересующем элементе дизайна - Customize code.
Там по-моему не всё можно. И дело не только в правке кода. XML тоже викинуть можно? Нет? А почему?

oneHalfТак шо минус один недостаток ).
Незасчитано.