Active Record хорошо подходит для систем с достаточно простой моделью предметной области не большим количеством слоёв и звеньев(tiers). Когда модель разростается и обрастает хитрыми требованиями, Active Record может завести в тупик. Так как фактически у класса сильно связаны две роли - "хранение и представление данных для всех подсистем" (Entity role) и реализация доступа к источнику данных (Persistence).
Если один недостаток Active Record это сложные запросы. Если с CRUD - всё просто. У сущности есть все операции, то далеко не всегда понятно где и как нужно реализовать запросы, в которые вовлечены множество сущностей. Из этого вытекает обязательное наличие Repository.