lukdimanМне не нужно знать как это делается автоматом. Хочется понять как это сделать руками и для чего я это вообще делаю.

bnd - bindings
в этом чудо файлике вы связываете ресурсы.например датасурс объявленый в ear связываете с датасурс настроеным на WAS.
всю эту связку вы можете проделать при деплое через Web-консоль или jython скриптом.
т.е. ibm-ejb-jar-bnd.xmi можете не писать вообще.
можете взять его в installedApps после развертывания и использовать для своего удобства в дальнейшем.
вместо xmi можете использовать xml. разница только в синтаксисе.
xsd посмотрите в доке. xsd лежат в properties\schemas.

по васе 6