Blazkowiczmayton+1. У Intellij Idea тоже не всё в порядке с отслеживанием изменений. Мы всё равно обновляеся
и коммитим через tortoise хотя иногда поглядывает в плагин среды чтоб видеть difference
какого-то класса.
Было такое в 10ке. В 11й версии всё стабильно, проблем с SVN небыло никаких
у меня косяки с hg и в 11, не на столько часто чтоб не пользоваться, но бывает. Например не всегда в перемещение файлов врубается - маркирует их как untracked + missing вместо deleted + added

Blazkowicz. tortoise не понимаю - командная строка наше всё.
дело вкуса и привычки конечно, но как по мне, так это только если commit -m или pull/push/revert. я в результате в той или иной ситуации пользую все.