Какая-то жутко общая постановка. Консоль текстовая или гуёвая? У вас вопрос чисто логическией, как не читать консоль, пока кто-то что-то выводит? Так это надо смотреть на ваше окружение.
Можно как в командной строке - запустил задачу (процесс) и больше ничего вводить нельзя, пока та не завершится.
А если у вас требование параллельно вводить что-то, то надо уже с требованиями разбиратся. Может две разных консоли тогда завести?

hadarcenКонсоль текстовая, никакого блокирования до окончания процесса не подразумевается. Кстати, очень похоже на чат, только в нем два окна, для ввода сообщения и для отображения истории. Мне нужно чтобы пока я туда что-то писал, в него не валились сообщения скажем других пользователей - типа занято, сохранись в очереди.

Чисто логически, а как различить моменты когда юзер в консоль "не пишет" и когда юзер пишет, но ищет нужную кнопку на клавиатуре?
Если вы это можете определить, то в чем проблема? Буферизируйте весь вывод до определенного момента и когда он наступит вываливайте в консоль.