Если используется Hibernate (ORM), то можно сохранять/обновлять сразу всю связанную структуру, целостность будет соблюдена.
А в общем, люди придумали транзакции, в рамках которых можно делать изменения сразу в нескольких таблицах, не нарушая целостности базы. При "коммите" транзакции в случае обнаружения проблем (исключения) данные не обновятся (транзакция "откатится").

Да побоку на чем морду веб-проекта делать, главное, чтобы было удобно и оптимально (по затратам, требованиям, времени и т.д.) - от связки servlet/jsp до высокоуровневых типа GWT/Vaadin, до чего дорос ... Есть альтернативная технология типа flash/flex, но достаточно спорная, имеющая массу достоинств, но и, конечно, недостатков. Хотя для админок и "внутренних проектов CRUD" - самое оно, понадежней и пошустрей будет (за счет протокола и уже загруженного интерфейса).