Разные базы для хибера - это разные сессии к разным источникам данных.

Если из одной базы "видна" другая (с помощью того же db-link-а), то можно в описании таблицы задать "префикс", чтобы сгенерированные запросы выглядели примерно так:
select user1.table1 join user2.table2 ...join link1@table3

Если же две базы ничего не знают (а, может, и не могут) знать друг о друге, то напрямую select база1.table1 join база2.table2 писать не получится.

Но частично решить задачу все же можно. Например, изменив процесс загрузки и сохранения объектов (interceptor-ами или просто поменяв setter-ы).

Как вариант:

Если сузить задачу до: "При загрузке объекта из одной бд (рабочей), нужно подгружать справочные объекты из другой базы (справочной) по их идентификаторам, имеющимся в таблице объекта рабочей базы.":

1) сбрасываем spring context в статическую переменную, чтобы можно было доставать его из любого места вызовом статического метода. Примеры этого фокуса можно нагуглить на тему "как получить spring context"

2) Описываем в application-context 2 разные sessionFactory, каждая из которых живет на своем личном файле конфигурации hibernate

3) При загрузке объекта из рабочей бд, добавляем в setter идентификатора справочного объекта примерно такой код: