В java ни ОС, ни БД не завязаны на конкретную IDE, можешь использоваться любую, какая понравится. Есть небольшие зависимости с сервером приложений, но и они весьма условны.
Для начала советую откомпилировать несколько классов из командной строки, разобраться как оно все работает, а потом уже приступать к выбору среды.

Судя по этой ссылке основные IDE работают под FreeBSD, только мне кажется, если ты .net програмер, разрабатывать ты будешь под виндой, а под фрей просто разворачивать приложение. Тогда среда должна быть виндовая.