2 Kachalov
Уже начитается спор: что лучше прямые указатели как в С ИЛИ управляемая память как в Java.
ИМХО для каждой задачи свои языки более предпочтительны.

А так же С & Java языки для разного заточенные.

Если вам нужно работать на Java, то стоит изучить как правильно его использовать. А если нужно сваять сайтик на 5 страниц - PHP вам в руки. Java начнет выигрывать на сложной бизнес-логике или когда количество разработчиков превысит 5-7 или когда ... ;)

МишааааааааааааааааА вчём проблемма?
- Я добавил в проект xml файл.
- NB сделал мне war файл.
- Я его задеплоил. Мой файл на успешно распокавался и упал в одну из папок на web сервере.
- я на web странице могу его просматривать

Что ещё нужно? какие проблеммы?
Если дети удалят папку с web сервером то можно повторно задеплоить war файл.
Проблема: пользователь берет твой файл, кладет томкату, деплоит... и нифига не работает :)
Томкат на Linux а может и на Винде поставляется с включенным профилем безопастности...
После этого тебе нужно написать доку КАК ставить приложение, КАК на различных платформах редактировать файлы ипроизводить их изменения... а веть есть еще уровни доступа у самой ОС

Сравниваем: подключаем встроенную БД (еще одна библиотека) и храним данные в ней.

PS холивары
Java-style VS C-style
SQL query vs fetch/ stored procedures
Хранение картинок в файлах / Хранение в СУБД
оставим на потом - ибо это зависит от ситуации.