AnarionИдея пиндос как глючно работает с томкатом. Лучше его запускать руками, а коннектиться к нему дебагом ремоутно.

В модуле пропиши, чтобы у тебя классы ложились в web-inf/classes.
IDEA работает с Tomcat'ом просто на ура. И если специально ничего не менять( а судя по всему вряд ли heedh специально настраивал директории), то по умолчанию IDEA сама предлагает правильную структуру Web приложения и помещает папку classes в WEB-INF.
heedhтам проблема в том что в томкате в директории webapps не появляется скомпилированого кода,она деплоит тока сам проект,а в webapps он не обновляется,может я что то не так понимаю про томкат? но вроде он должен у себя в этой диретории все сохранять...и делать она должна вроде все автоматически,это как то неудобно большой проект при малейших изменениях все время вручную куда то таскать )
Если ты запускаешь Tomcat через IDEA, то в папке exploded своего проекта всегда найдешь самую "свежую" версию уже готового к деплою проекта. И ненадо ничего "все время вручную куда то таскать".