Process p =  null ;
 try  {
  p = Runtime.getRuntime().exec(Resource.aRunSqlplus + s);
// s - имя скрипта, оно может оказаться неверным
}  catch  (IOException ex) {
  ex.printStackTrace();
}
BufferedReader in =  new  BufferedReader( new  InputStreamReader(p.getInputStream()));
String line;
 try  {
  // если здесь sqlplus наячинает ждать какого либоо ввода - зависаем
   while  (((line = in.readLine()) !=  null ))  {
    System.out.println(line);
  }
}  catch  (IOException ex) {
  ex.printStackTrace();
}

C:\>sqlplus -S  "/as sysdba" @d:\blablabla.sql
SP2- 0310 : unable to open file "d:\blablabla.sql"

C:\>sqlplus -S  "/as sysdba" @d:\blablabla.sql
SP2- 0310 : unable to open file "d:\blablabla.sql"
exit;

C:\>

Process p =  null ;
 try  {
  p = Runtime.getRuntime().exec(Resource.aRunSqlplus + s);
  // s - имя скрипта, оно может оказаться неверным  
}  catch  (IOException ex) {
  ex.printStackTrace();
}
BufferedReader in =  new  BufferedReader( new  InputStreamReader(p.getInputStream()));
riter out =  new  OutputStreamWriter(p.getOutputStream());
String line;

// ставим в очередь сообщение на выход
 try  {
  out.write("exit; \n");
  out.flush();
}  catch  (IOException ex) {
  ex.printStackTrace();
}
// проверяем что твориться в входном потоке
 try  {
   while  (((line = in.readLine()) !=  null ))  {
    System.out.println(line);
  }
}  catch  (IOException ex) {
  ex.printStackTrace();
}