Есть дерево в mysql 5, основаное на
http://%5Dwww.codeproject.com/cs/database/Trees_in_SQL_databases.asp.%5B/url]
http://]www.codeproject.com/cs/database/Trees_in_SQL_databases.asp.

Как работать с Jtree с информацией из этого дерева?
Как вижу – делать некий КЭШ на клиенте – самописное дерево из которого уже работать с Jtree (хотя опять же КЭШ надо как-то заполнять, что выливается во второй подход).
Не делать этого КЭШа – тогда постоянно (при построении дерева - читай при начале работы клиента) пинать сервер запросами – "дай-ка мне детей такого то узла" и по-маленьку строить дерево.