автор
1. Windows 2003 web server edition
2. ntfs

- это объясняет медленную работу с файлами (это не холивар, а реальное положение дел)
автор
3. raid-0 (зеркало)

- что-то путаете, "зеркало" это RAID 1
автор
4. обычные html готовые целиком к публикации. правда в них были ссылки на стили и картинки, которые хранились в отдельных каталогах. эти html обновлялись / перезаписывались эпизодически. >около 500 файлов заменялось в день.

-лучше использовать связку серверов Apache+Tomcat или IIS+Tomcat и пускать статику через "обычный" web-сервер
автор
5. все на одной машине - Tomcat, Oracle
- тут см. п. 1 и 2. Ускорение работы произошло за счет резкого уменьшения количества обрабатываемых файлов (файл БД против кучи мелких файлов), также возможно дополнительное ускорение если база находится на неформатированом разделе.

i23mесли использовать Оракл, то держать базу в неформатированном разделе диска. а разве такое возможно с NTFS?
- NTFS тут не при чем, логический раздел просто не форматируется ни под NTFS, ни как иначе. А в Oracle база создается на этом разделе и он осуществляет собственное форматирование раздела.