Kachalovдля сложно структурированных данных хорошо подойдет файл формата XML, который можно парсить через механизм SAX, что смягчает ограничения на размер файла.

Для хранения. А как только доходим до

AxNe0изменение, удаление и поиск объектов класса "А".

сразу возникает необходимость полного просмотра файла. А при изменении/удалении еще и необходимость изменения записи в произвольной позиции. Так что если отказываться от мысли держать все данные в памяти, то без использования к примеру (для простых случаев) записей фиксированной длины не обойтись. Ну и конечно индексирование, если необходимо:

AxNe0чтоб работало более-менее быстро

Так что лучше всего воспользоваться существующими наработками - из числа предложенных, либо самостоятельно нарытых на просторах инета.