Че Вы паритесь? Иделаьной защиты не было и вряд ли она когда либо будет существовать. Тем более защиты того, что написано на джаве. Весь процесс взлома сведется к тому что нужно будет декомпилировать и разобраться в вашем алгоритме. Я ломал одну коммерческую библиотеку (для печати, на основе Jasper Reports), точно не помню как называется, весь процесс занял меньше часа. Разобрался в декомпилированном обфусцированном классе, поправил один метод, который возвращал результат проверки, даже в самом алгоритме не требовалось разбираться.

В свою очередь весной самому пришлось заняться криптографией. Реализовал самый устойчивый к взломам алгоритм (ГОСТ), но возникла другая проблема - хранение и использование ключей. Это стало самым уязвимым местом в системе.

P.S. мне нравится то, как поступает ком-я JetBrains (IntelliJ IDEA). У них генератор серийников не меняется с версии IntelliJ IDEA 3. И в принципе правильно. В России один фиг все сломают, как ни крутись.