совсем не обязательно на winapi.

есть врапер:
http://wrapper.tanukisoftware.org/doc/english/introduction.html

вот мой простеньки примерчик, написанный по примеру с их сайта

первая часть архивчика(больше 100К к сожалению нельзя приатачивать)

Вторая часть

В папке bin необходимо запустить файлик installmyjava-nt.bat
чтобы зарегистрировать сервис.
потом набрать в Start->Run services.msc

Там вы найдете сервис My Java
Все по умолчанию он будет настроен как automatic(т.е. при старте машины он запускается :) )

Чтобы удалить сервис необходимо запустить uninstallmyjava-nt.bat

Для тестов можно запускать myjava.bat

Свой код можете поместить внутрь myjava.java и скомпилить.

Естественно класс myjava.java можно переименовать, например в yourjava.java
но тогда нужно будет переименовать файлы в
yourjava.bat
installyourjava-nt.bat
uninstallyourjava-nt.bat

и внести изменения в /conf/wrapper.conf

структура файла простая, так что думаю все понятно будет.

!Внимание тестовый примерчик пишет в C:\myjava.out текущую дату каждые 2 секунды :)