Вопрос шибко философский. Мало того у каждого слоя может быть и своя бизнес логика (например бизнес логика представления) поэтому как учили меня меня на матанализе все зависит от опыта и мастерства.
Если ты умеешь разделять свою систему на слои то пакеты можно начинать именовать в соответствии слоям и будет хорошо если ты в один пакет вынесешь только базовые интерфейсы и исключения а дальше будешь создавать пакеты для конкретной имплементации этих абстракций желательно чтобы названия пакетов были понятны посторонним (это кстати мастерство своего рода) как пример:
my.com.dao (базовый интерфейс)
my.com.dao.hibernate (реализация с помощью конкретного фреймворка)
my.com.dao.impl (плохо потому как с названия ничего непонятно)

И еще маленький советикс личного опыта плохо реализованная с точки зрения теории система намного лучше теоретически правильного, но не рабочего аналога