Класс Runtime.exec() - запуск произвольной программы на компутере юзера, в том числе, например - regedit (меняй настройки реестра как хочешь). Да хоть format c:/u :)
Другое дело, что джава-апплетам секьюрити-менеджер просто не позволяет выполнять такие мерзопакостные операции.

ну смотри сам. в реестр чисто явовскими средствами залезть нельзя. не знает он про него. изменение файлов настроек (читай: файловый обмен) - это один из пунктов настроек Security Manager - и по умолчанию для апплетов он отключен, иначе бы тебе любой дурик под видом джава-чата залил бы трояна, который похерил бы твои документы, а перед этим еще и спер личные данные:)
Кстати, для Мустанга был написан новый bytecode verifier (то есть проверялка безопасности в момент загрузки класса) - дык Сан объявлял конкурс Crack the verifier! - и вроде так никто ничего и не сломал.