JDK включает в себя:

каталог /bin/ - инструментарий, основные файлы
javac.exe - компилятор

java.exe - интерпретатор для запуска скомпилированных приложений

javad.exe - дебаггер

jar.exe - для упаковки архивов
... ну и т.д.

каталоги
/lib/
/jre/lib/ - содержат стандартные библиотеки классов

/jre/lib/rt.jar - один из важных пакетов стандартной библиотеки


J2SE содержит этот набор
J2EE дополнительно помимо прочего содержит библиотеки для работы с сервлетами, CORBA и т.п.. т.е. для создания корпоративных систем

никто не использует JDK сам по-себе, т.к. это не удобно (работа из командной строки), поэтому существуют разные среды IDE, лень перечислять, вот здесь приведен список одних из популярных на данный момент JAVA. Среды разработки, инструментарий

все перечисленные среды являются своеобразной "оболочкой" для JDK, и позволяют подключать внешний JDK.
надеюсь не сказал ничего лишнего...