Можно задать порт через Custom Socket Factories:
public Socket createSocket(String host, int port)
public ServerSocket createServerSocket(int port)

Совпадать с портом rmiregistry он, увы, не может, зато можно задать определеннй порт для самого сервера.
При этом 1. теряете возможность автоматического управления пулом портов (т.е. проигрываете в масштабируемости приложения)
2. Придется позаботится о том, чтобы порт был свободен от другого приложения.

В общем же особой безопасности такое решение не добавит, но если надо - welcome. :)