Кстати, я тоже давно с такой бедой сталкивался.
Может быть, использовался запуск Eclipse с указанием в командной строке используемой Ява-машины? Мне помогало.
Вот кусок из readme_eclipse.html

Here is a typical Eclipse command line:

eclipse -vm c:\jdk1.4.2\jre\bin\javaw -vmargs -Xmx256M

Tip: It's generally a good idea to explicitly specify which Java VM to use when running Eclipse. This is achieved with the "-vm" command line argument as illustrated above. If you don't use "-vm", Eclipse will look on the O/S path. When you install other Java-based products, they may change your path and could result in a different Java VM being used when you next launch Eclipse.

--С уважением, ponomarevvb--