1.
J# имеет синтаксис совместимый с кодом написанным на java1.1. и
поддерживает библиотеки из стандарта java1.1.
Код писанный на J# может использовать библиотеки для .NET.
Для исполнения кода написанного на J# нужно иметь виндоус c установленной .NET (на уровне сорсов совместимо с портом NET под линух, на практике это сопряжено с геморроем).

Обычная Java, т.е. соответствующая спецификациям Sun, предоставляет больший набор стандартных библиотек, имеет отличия в синтаксисе (5.0).
Подавляющее большинство стронних библиотек требует java > 1.1. (т.е. портировать код java на net, далеко не тривиальная задача)
Код написанный на java требует только наличия JRE (14мб). Проблем с переходом на другую OS фактически нет.

2.
С# и Java используют разные библиотеки. Их синтаксис схож, но имеется достаточно различий. В каком-то смысле C# предоставляет больше возможностей программисту на уровне синтаксиса, но на практике это приносит мало выгод. Скорее добавляет трудности при анализе и отладке кода.
Моё имхо конечно же :)