final  JDialog waitPls = ...;

 final  JButton button = ...;

button.addActionListener( new  ActionListener(){
       public   void  actionPerformed(ActionEvent e){
                new  Thread(){ 
                       public   void  run(){
                            doMyLongSuperAction(); //если внутри этой штуки нужно 
//выполнять действия по изменению состояния свинг-компонентов, 
//используешь вставки invokeLater() или invokeAndWait();
                            SwingUtilities.invokeLater( new  Runnable(){
                                   public   void  run(){
                                        button.setEnabled(true);
                                        waitPls.setVisible(false);
                                  }
                            });
                       }
               }.start();
               button.setEnabled(false);
               waitPls.setVisible(true);
      }
});